1、定義不同
本科教育（undergraduate education），高等教育的中級層次 。屬聯合國教科文組織《國際教育標準分類》的第三級第一階段（授予大學第一級學位或同等學歷證書）教育 。與專科教育、研究生教育構成高等教育內部的 3 個層次，為高等教育的主干部分 。
應用型本科指以應用型為辦學定位，而不是以科研為辦學定位的本科院校 。應用型本科教育對于滿足中國經濟社會發展，對高層次應用型人才需要以及推進中國高等教育大眾化進程起到了積極的促進作用 。
2、包含范圍不同
本科：在我國普通高考當中，本科錄取分為本科一批（一本）、本科二批（二本）和本科三批（三本）（2017年部分地區取消本科三批） 。
【應用型本科和普通本科的區別是什么 應用型本科和普通本科有哪些不同】應用型本科：現階段一般包括所有的本科第一批、本科第二批錄取院校 。
3、招收對象不同
本科教育主要招收高中畢業生，學制依據不同專業，一般為4～5年；少量招收專科畢業生，一般要通過專升本考試，學制2年 。
“應用型本科”是對新型的本科教育和新層次的高職教育相結合的教育模式的探索，由部分省屬本科院校與國家級示范性高等職業院校、國家大型骨干企業聯合試點培養適應社會經濟發展需求的應用型本科專業人才 。
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